راهى اصفهان شد و پس از دو سال اقامت در آنجا به نجف رهسپار گرديد . در نجف باآنكه خود مجتهد بود ، با شور و شوق در درس آخوند خراسانى حاضر مىشد . اقامت ايشان در نجف هفت سال طول كشيد و طى ان توانست در دو دوره كامل درس خارج اصول آخوند شركت كند كه نتيجه ان يك دوره شرح بر كتاب « كفايهء الاصول » شد كه به قلم ايشان نگارش يافت . ايشان در نجف در درس ايت اللّه شيخ فتح اللّه شريعت ( شيخ الشريعة ) و ايت اللّه ميرزا محمد حسن خليلى نيز شركت مىنمود . پس از رحلت آخوند خراسانى ، ميرزا راهى سامرا شد تا از محضر ايت اللّه العظمى ميرزا محمد تقى شيرازى استفاده كند . البته پس از درس استاد ، در جايگاه تدريس مىنشست و بسيارى از شاگردان استاد در كلاس او شركت مىكردند . البته خود ميرزاى شيرازى نيز به ايت اللّه شاه‌آبادى توجه ويژه‌اى داشت . به همين دليل ، ايت اللّه شاه‌آبادى يكى از شش نفرى است كه از ميرزاى شيرازى اجازه اجتهاد دريافت كرده است . البته آيات عظام شيخ الشريعة اصفهانى ، سيد اسماعيل صدر ، شريانى ، ميرزا خليل تهرانى هم به عارف كامل شاه‌آبادى گواهى اجتهاد داده بودند . البته بايد توجه داشت كه تمام تحصيلات مرحوم شاه‌آبادى به علوم متداول حوزه‌هاى علميه ان روزگار محدود و منحصر نيست و جالب است بدانيم كه ايشان رياضيات هم خوانده بود و معلم درس رياضيات وى آقا ميرزا عبد الرزاق سرتيپ بود . به علاوه ، از علوم و دانش‌هايى نظير رمل ، جفر ، و اسطرلاب نيز اطلاع داشت . به طورى كه حتى افراد انگشت شمارى كه از اين علوم سر در مىآوردند ، در صورت مواجه شدن با مشكل ، به مرحوم شاه‌آبادى مراجعه مىنمودند . مهم‌ترين استادان ايشان عبارتند از : 1 . پدرش ، شيخ محمّد جواد شاه‌آبادى 2 . برادرش ، شيخ احمد شاه‌آبادى